Publications

Publications

Peer-reviewed articles, preprints, and other scholarly works from the community.

179

Publications

132

Distinct journals

+ Add publication

List

Cortical regulation of collective social dynamics during environmental challenge Journal Article

T. Raam,Q. Li,L. Gu,G. M. Elagio,K. Y. Lim,J. Y. Taimish,X. Zhang,N. P. Sandoval,S. M. Correa,W. Hong

Nature Neuroscience 29(4):901-914 (2026).

DOI: 10.1038/s41593-026-02224-0Science

Experience and behavior modulate piriform cortex odor representation in freely moving mice Journal Article

I. F. Chapman,M. A. Raymond,M. L. Fletcher

iScience 29:115897 (2026).

DOI: 10.1016/j.isci.2026.115897Science

Miniscope Zero: a fully wireless, single-cell-resolution miniature microscope for imaging neural dynamics in freely behaving animals Preprint

T. Sasatani,M. Brosch,Z. Dong,J. Saunders,P. Zhao,M. Sehgal,L. Oesch,F. S. Jimka,H. Semwal,A. Guha,H. Chorsi,K. Keus,B. Madruga,A. Silva,A. Churchland,P. Golshani,D. Aharoni

bioRxiv (2026).

DOI: https://doi.org/10.64898/2026.09.05.745822Methods

Months-long stability of the head-direction system Journal Article

S. Skromne Carrasco,G. Viejo,A. Peyrache

Nature 652(8108):167–173 (2026).

DOI: 10.1038/s41586-025-10096-w

Neural basis of cooperative behavior in biological and artificial intelligence systems Journal Article

M. Jiang,L. Gu,M. Ma,Q. Li,J. C. Kao,W. Hong

Science (2026).

DOI: 10.1126/science.adw8151Science

Neural circuits for valence updating in social memory Journal Article

N. Suto,M. Wang,S. Morikawa,M. Chung,K. Tao,Z. Huang,Y. Ikegaya,H. Takeuchi,S. Kira,T. Okuyama

Science (2026).

DOI: 10.1126/science.adx8231Science

Shared neural substrates of prosocial and parenting behaviours Journal Article

F. Sun,K. Y. Lim,J. Dang,L. I. Zhang,Y. E. Wu,W. Hong

Nature 654:454-462 (2026).

DOI: 10.1038/s41586-026-10327-8Science

Dissociable roles of prefrontal plasticity in decision making strategy and execution of habitual behavior Journal Article

N. Asaoka,D. Pagano,Y. Hayashi

DOI: 10.1101/2025.05.19.654900Science

MiniXL: An open-source, large field-of-view epifluorescence miniscope enabling single-cell resolution and multi-region imaging in mice Journal Article

P. Zhao,C. Guo,M. Xie,L. Chen,P. Golshani,D. Aharoni

Science Advances 11(24):eads4995 (2025).

DOI: 10.1126/sciadv.ads4995Tool Paper

Miniscope Imaging of Nucleus Accumbens Neural Activity in Freely Behaving Rats: Virus Injection, Gradient Index Lens Implantation, Recording Strategies, and Analytical Methods Journal Article

N. J. Beacher,M. W. Wang,M. C. Broomer,J. Y. Kuo,K. A. Washington,M. Targum,Y. Zhang,G. Barbera,D. Lin

Current Protocols 5(1) (2025).

DOI: 10.1002/cpz1.70090Protocol

Open-source, high performance miniature 2-photon microscopy systems for freely behaving animals Journal Article

B. A. Madruga,C. C. Dorian,L. Yang,M. Sehgal,A. J. Silva,M. Shtrahman,D. Aharoni,P. Golshani

Nature Communications 16(1) (2025).

DOI: 10.1038/s41467-025-62534-yTool Paper

Simultaneous two-color imaging with a dual-channel miniscope in freely behaving mice Journal Article

Z. Dong,Y. Feng,K. Diego,A. M. Baggetta,B. M. Sweis,Z. T. Pennington,S. I. Lamsifer,Y. Zaki,F. Sangiuliano,P. A. Philipsberg,D. Morales-Rodriguez,D. Kircher,P. Slesinger,T. Shuman,D. Aharoni,D. J. Cai

Science Advances 11(27) (2025).

DOI: 10.1126/sciadv.adr6470Tool Paper

Syntalos: a software for precise synchronization of simultaneous multi-modal data acquisition and closed-loop interventions Journal Article

M. Klumpp,L. Embray,F. Heimburg,A. L. Alves Dias,J. Simon,A. Groh,A. Draguhn,M. Both

Nature Communications 16(1) (2025).

DOI: 10.1038/s41467-025-56081-9Software

A dual-mode, image-enhanced, miniaturized microscopy system for incubator-compatible monitoring of live cells Journal Article

Y. Liao,C. Qin,X. Zhang,J. Ye,Z. Xu,H. Zong,N. Hu,D. Zhang

Talanta 278:126537 (2024).

DOI: 10.1016/j.talanta.2024.126537

A modular, cost-effective, versatile, open-source operant box solution for long-term miniscope imaging, 3D tracking, and deep learning behavioral analysis Journal Article

N. J. Beacher,J. Y. Kuo,M. Targum,M. Wang,K. A. Washington,G. Barbera,D. Lin

MethodsX 12:102721 (2024).

DOI: 10.1016/j.mex.2024.102721Methods

CADENCE — Neuroinformatics Tool for Supervised Calcium Events Detection Journal Article

N. Aseyev,A. Borodinova,S. Pavlova,M. Roshchina,M. Roshchin,E. Nikitin,P. Balaban

Neuroinformatics 22(3):379–387 (2024).

DOI: 10.1007/s12021-024-09677-3Analysis Pipeline

Cholecystokinin facilitates motor skill learning by modulating neuroplasticity in the motor cortex Journal Article

H. Li,J. Feng,M. Chen,M. Xin,X. Chen,W. Liu,L. Wang,K. H. Wang,J. He

eLife 13 (2024).

DOI: 10.7554/elife.83897Science

Constraints on the subsecond modulation of striatal dynamics by physiological dopamine signaling Journal Article

C. Long,K. Lee,L. Yang,T. Dafalias,A. K. Wu,S. C. Masmanidis

Nature Neuroscience 27(10):1977–1986 (2024).

DOI: 10.1038/s41593-024-01699-zScience

Correlated signatures of social behavior in cerebellum and anterior cingulate cortex Journal Article

S. W. Hur,K. Safaryan,L. Yang,H. T. Blair,S. C. Masmanidis,P. J. Mathews,D. Aharoni,P. Golshani

eLife 12 (2024).

DOI: 10.7554/elife.88439Science

Cortical regulation of helping behaviour towards others in pain Journal Article

M. Zhang,Y. E. Wu,M. Jiang,W. Hong

Nature 626(7997):136–144 (2024).

DOI: 10.1038/s41586-023-06973-xScience

Decoding Secondary Motor Cortex Neuronal Activity during Cocaine Self-Administration: Insights from Longitudinal in vivo Calcium Imaging Journal Article

Y. Chen,H. Fu,A. Korada,M. A. Lange,C. Rayanki,T. Lu,D. Lai,S. Fang,C. Guo,Y. Ma

DOI: 10.1101/2024.05.20.594996Science

Distinct changes to hippocampal and medial entorhinal circuits emerge across the progression of cognitive deficits in epilepsy Journal Article

Y. Feng,K. S. Diego,Z. Dong,Z. C. Wick,L. Page-Harley,V. Page-Harley,J. Schnipper,S. I. Lamsifer,Z. T. Pennington,L. M. Vetere,P. A. Philipsberg,I. Soler,A. Jurkowski,C. J. Rosado,N. N. Khan,D. J. Cai,T. Shuman

DOI: 10.1101/2024.03.12.584697Science

Distinct functional classes of CA1 hippocampal interneurons are modulated by cerebellar stimulation in a coordinated manner Journal Article

J. M. Froula,J. J. Rose,C. Krook-Magnuson,E. Krook-Magnuson

DOI: 10.1101/2024.05.14.594213Science

Distinct neural mechanisms for heading retrieval and context recognition in the hippocampus during spatial reorientation Journal Article

C. M. Gagliardi,M. E. Normandin,A. T. Keinath,J. B. Julian,M. R. Lopez,M. Ramos-Alvarez,R. A. Epstein,I. A. Muzzio

Nature Communications 15(1) (2024).

DOI: 10.1038/s41467-024-50112-7Science

Excitatory neurons of the anterior cingulate cortex encode chosen actions and their outcomes rather than cognitive state Journal Article

M. M. Jendryka,U. Lewin,S. K. Kapanaiah,H. Dermutz,B. Liss,A. Pekcec,T. Akam,B. F. Grewe,D. Kätzel

DOI: 10.1101/2024.04.12.589244Science

Hidden state inference requires abstract contextual representations in ventral hippocampus Journal Article

K. Mishchanchuk,G. Gregoriou,A. Qü,A. Kastler,Q. Huys,L. Wilbrecht,A. F. MacAskill

DOI: 10.1101/2024.05.17.594673Science

Hippocampal and orbitofrontal neurons contribute to complementary aspects of associative structure Journal Article

H. Lin,J. Zhou

Nature Communications 15(1) (2024).

DOI: 10.1038/s41467-024-49652-9Science

Hippocampal cognitive and relational map paradigms explored by multisensory encoding recording with wide-field calcium imaging Journal Article

D. Sun,N. E. Shaik,R. R. Unnithan,C. French

iScience 27(1):108603 (2024).

DOI: 10.1016/j.isci.2023.108603Science

Integration of Single-Photon Miniature Fluorescence Microscopy and Electrophysiological Recording Methods for in vivo Studying Hippocampal Neuronal Activity Journal Article

A. I. Erofeev,E. K. Vinokurov,I. E. Antifeev,O. L. Vlasova,I. B. Bezprozvanny

Journal of Evolutionary Biochemistry and Physiology 60(4):1586–1606 (2024).

DOI: 10.1134/s0022093024040264Science

MiniXL: An open-source, large field-of-view epifluorescence miniature microscope for mice capable of single-cell resolution and multi-brain region imaging Journal Article

P. Zhao,C. Guo,M. Xie,L. Chen,P. Golshani,D. Aharoni

DOI: 10.1101/2024.08.16.608328

Miniscope Recording Calcium Signals at Hippocampus of Mice Navigating an Odor Plume Journal Article

F. M. Simoes de Souza,R. Williamson,C. McCullough,A. Teel,G. Futia,M. Ma,A. True,J. P. Crimaldi,E. Gibson,D. Restrepo

DOI: 10.1101/2024.06.12.598681Science

Months-long stability of the head-direction system Journal Article

S. S. Carrasco,G. Viejo,A. Peyrache

DOI: 10.1101/2024.06.13.598909Science

Neural coding in gustatory cortex reflects consumption decisions: Evidence from conditioned taste aversion Journal Article

M. A. Raymond,I. F. Chapman,S. M. Staszko,M. L. Fletcher,J. D. Boughter

DOI: 10.1101/2024.02.28.582584Science

On Optimizing Miniscope Data Analysis with Simulated Data: A Study of Parameter Optimization in the Minian Analysis Pipeline Journal Article

A. I. Erofeev,M. V. Petrushan,L. V. Lysenko,E. K. Vinokurov,O. L. Vlasova,I. B. Bezprozvanny

Neuroscience and Behavioral Physiology 54(2):251–262 (2024).

DOI: 10.1007/s11055-024-01593-y

Prefrontal multistimulus integration within a dedicated disambiguation circuit guides interleaving contingency judgment learning Journal Article

E. Korzus,J. Pastore,J. Mayer,T. Bailey,J. S. III,J. Steinhauser,K. Shuler,E. Papalexakis

DOI: 10.21203/rs.3.rs-3908560/v1Science

Protocol for calcium imaging and analysis of hippocampal CA1 activity evoked by non-spatial stimuli Journal Article

D. Sun,M. Amiri,R. R. Unnithan,C. French

STAR Protocols 5(2):103110 (2024).

DOI: 10.1016/j.xpro.2024.103110Protocol

Social valence dictates sex differences in identity recognition Journal Article

A. Larosa,Q. W. Xu,A. S. Wong,J. Q. Lee,M. P. Brandon,T. P. Wong

DOI: 10.1101/2024.06.07.598039Science

Stable sequential dynamics in prefrontal cortex represents subjective estimation of time Journal Article

Y. Li,W. Yin,X. Wang,J. Li,S. Zhou,C. Ma,P. Yuan,B. Li

DOI: 10.1101/2024.02.26.582071Science

Subicular neurons encode concave and convex geometries Journal Article

Y. Sun,D. A. Nitz,X. Xu,L. M. Giocomo

Nature 627(8005):821–829 (2024).

DOI: 10.1038/s41586-024-07139-zScience

T-scope V4: miniaturized microscope for optogenetic tagging in freely behaving animals Journal Article

Y. Wang,P. Vergara,S. Hasegawa,N. Tomita,Y. Cherasse,T. Naoi,T. Sakurai,Y. Sugaya,M. Kano,M. Sakaguchi

DOI: 10.1101/2024.10.07.616920

Targeted micro-fiber arrays for measuring and manipulating localized multi-scale neural dynamics over large, deep brain volumes during behavior Journal Article

M. T. Vu,E. H. Brown,M. J. Wen,C. A. Noggle,Z. Zhang,K. J. Monk,S. Bouabid,L. Mroz,B. M. Graham,Y. Zhuo,Y. Li,T. M. Otchy,L. Tian,I. G. Davison,D. A. Boas,M. W. Howe

Neuron 112(6):909–923.e9 (2024).

DOI: 10.1016/j.neuron.2023.12.011

Temporal Dynamics of Nucleus Accumbens Neurons in Male Mice During Reward Seeking Journal Article

T. A. Schall,K. Li,X. Qi,B. T. Lee,W. J. Wright,E. E. Alpaugh,R. J. Zhao,J. Liu,Q. Li,B. Zeng,L. Wang,Y. H. Huang,O. M. Schlüter,E. J. Nestler,E. H. Nieh,Y. Dong

DOI: 10.1101/2024.09.27.615291

Top-down control of flight by a non-canonical cortico-amygdala pathway Journal Article

C. D. Borkar,C. E. Stelly,X. Fu,M. Dorofeikova,Q. E. Le,R. Vutukuri,C. Vo,A. B. Walker,S. Basavanhalli,A. Duong,E. Bean,A. Resendez,J. G. Parker,J. G. Tasker,J. P. Fadok

Nature 625(7996):743–749 (2024).

DOI: 10.1038/s41586-023-06912-wScience

Toward a brighter constellation: multiorgan neuroimaging of neural and vascular dynamics in the spinal cord and brain Journal Article

D. Celinskis,C. J. Black,J. Murphy,A. Barrios-Anderson,N. G. Friedman,N. C. Shaner,C. Y. Saab,M. Gomez-Ramirez,D. A. Borton,C. I. Moore

Neurophotonics 11(02) (2024).

DOI: 10.1117/1.nph.11.2.024209Science

<scp>MiniMounter</scp>: A low‐cost miniaturized microscopy development toolkit for image quality control and enhancement Journal Article

X. Zhu,L. Gu,R. Li,L. Chen,J. Chen,N. Zhou,W. Ren

Journal of Biophotonics 17(2) (2023).

DOI: 10.1002/jbio.202300214

A Novel Design Method of Uniformity Energy Distribution Lens for Miniscopes Journal Article

J. Zhang,X. Xin

IEEE Photonics Journal 15(5):1–6 (2023).

DOI: 10.1109/jphot.2023.3306806

A hardware system for real-time decoding of in vivo calcium imaging data Journal Article

Z. Chen,G. J. Blair,C. Guo,J. Zhou,J. Romero-Sosa,A. Izquierdo,P. Golshani,J. Cong,D. Aharoni,H. T. Blair

eLife 12 (2023).

DOI: 10.7554/elife.78344

A manifold neural population code for space in hippocampal coactivity dynamics independent of place fields Journal Article

E. R. Levy,S. Carrillo-Segura,E. H. Park,W. T. Redman,J. R. Hurtado,S. Chung,A. A. Fenton

Cell Reports 42(10):113142 (2023).

DOI: 10.1016/j.celrep.2023.113142Science

A population code for idiothetic representations in the hippocampal-septal circuit Journal Article

G. Etter,S. van der Veldt,C. Mosser,M. E. Hasselmo,S. Williams

DOI: 10.1101/2023.11.10.566641Science

A unified open-source platform for multimodal neural recording and perturbation during naturalistic behavior Journal Article

J. P. Newman,J. Zhang,A. Cuevas-López,N. J. Miller,T. Honda,M. H. van der Goes,A. H. Leighton,F. Carvalho,G. Lopes,A. Lakunina,J. H. Siegle,M. T. Harnett,M. A. Wilson,J. Voigts

DOI: 10.1101/2023.08.30.554672

Accelerated social representational drift in the nucleus accumbens in a model of autism Journal Article

P. Zhao,X. Chen,A. Bellafard,A. Murugesan,J. Quan,D. Aharoni,P. Golshani

DOI: 10.1101/2023.08.05.552133Science

Advances in cellular resolution microscopy for brain imaging in rats Journal Article

S. J. Kim,R. O. Affan,H. Frostig,B. B. Scott,A. S. Alexander

Neurophotonics 10(04) (2023).

DOI: 10.1117/1.nph.10.4.044304Review

An optical design enabling lightweight and large field-of-view head-mounted microscopes Journal Article

J. R. Scherrer,G. F. Lynch,J. J. Zhang,M. S. Fee

Nature Methods 20(4):546–549 (2023).

DOI: 10.1038/s41592-023-01806-1

Aversive experience drives offline ensemble reactivation to link memories across days Journal Article

Y. Zaki,Z. T. Pennington,D. Morales-Rodriguez,T. R. Francisco,A. R. LaBanca,Z. Dong,S. Lamsifer,S. C. Segura,H. Chen,Z. Christenson Wick,A. J. Silva,M. van der Meer,T. Shuman,A. Fenton,K. Rajan,D. J. Cai

DOI: 10.1101/2023.03.13.532469Science

Calcium imaging and analysis of the jugular-nodose ganglia enables identification of distinct vagal sensory neuron subsets Journal Article

T. S. Huerta,B. Haider,R. Adamovich-Zeitlin,A. C. Chen,S. Chaudhry,T. P. Zanos,S. S. Chavan,K. J. Tracey,E. H. Chang

Journal of Neural Engineering 20(2):026014 (2023).

DOI: 10.1088/1741-2552/acbe1eScience

CaliAli, a tool for long-term tracking of neuronal population dynamics in calcium imaging Journal Article

P. Vergara,Y. Wang,S. Srinivasan,Y. Cherasse,T. Naoi,Y. Sugaya,T. Sakurai,M. Kano,M. Sakaguchi

DOI: 10.1101/2023.05.19.540935

Characterization of ventromedial hypothalamus activity during exposure to innate and conditioned threats Journal Article

B. C. Tobias,P. J. Schuette,S. Maesta‐Pereira,A. Torossian,W. Wang,E. Sethi,A. Adhikari

European Journal of Neuroscience 57(7):1053–1067 (2023).

DOI: 10.1111/ejn.15937Science

Conjunctive vector coding and place coding in hippocampus share a common directional signal Journal Article

Y. Zhou,V. Puliyadi,X. Chen,J. L. Lee,L. Zhang,J. J. Knierim

DOI: 10.1101/2023.06.02.543340Science

Cortical processing of pain and itch information by distinct neuronal populations Journal Article

B. Kaang,H. Ko,D. I. Choi,C. Lee,J. E. Choi,J. Oh,S. Han,S. Ye,J. Lee,H. Jung,J. Lee,K. Lee,J. Lee,M. Zhuo

DOI: 10.21203/rs.3.rs-3480103/v1Science

Current Status and Future Strategies for Advancing Functional Circuit MappingIn Vivo Journal Article

A. Berndt,D. Cai,A. Cohen,B. Juarez,J. T. Iglesias,H. Xiong,Z. Qin,L. Tian,P. A. Slesinger

The Journal of Neuroscience 43(45):7587–7598 (2023).

DOI: 10.1523/jneurosci.1391-23.2023Review

Distinct reward processing by subregions of the nucleus accumbens Journal Article

G. Chen,S. Lai,G. Bao,J. Ke,X. Meng,S. Lu,X. Wu,H. Xu,F. Wu,Y. Xu,F. Xu,G. Bi,G. Peng,K. Zhou,Y. Zhu

Cell Reports 42(2):112069 (2023).

DOI: 10.1016/j.celrep.2023.112069Science

Distributed processing for value-based choice by prelimbic circuits targeting anterior-posterior dorsal striatal subregions in male mice Journal Article

K. Choi,E. Piasini,E. Díaz-Hernández,L. V. Cifuentes,N. T. Henderson,E. N. Holly,M. Subramaniyan,C. R. Gerfen,M. V. Fuccillo

Nature Communications 14(1) (2023).

DOI: 10.1038/s41467-023-36795-4Science

Elucidating a locus coeruleus-dentate gyrus dopamine pathway for operant reinforcement Journal Article

E. A. Petter,I. P. Fallon,R. N. Hughes,G. D. Watson,W. H. Meck,F. P. Ulloa Severino,H. H. Yin

eLife 12 (2023).

DOI: 10.7554/elife.83600Science

Ensemble-specific deficit in neuronal intrinsic excitability in aged mice Journal Article

L. Chen,T. R. Francisco,A. M. Baggetta,Y. Zaki,S. Ramirez,R. L. Clem,T. Shuman,D. J. Cai

Neurobiology of Aging 123:92–97 (2023).

DOI: 10.1016/j.neurobiolaging.2022.12.007Science

Hippocampal place cell remapping occurs with memory storage of aversive experiences Journal Article

G. J. Blair,C. Guo,S. Wang,M. S. Fanselow,P. Golshani,D. Aharoni,H. T. Blair

eLife 12 (2023).

DOI: 10.7554/elife.80661Science

Identifying representational structure in CA1 to benchmark theoretical models of cognitive mapping Journal Article

J. Q. Lee,A. T. Keinath,E. Cianfarano,M. P. Brandon

DOI: 10.1101/2023.10.08.561112Science

Imaging neuro-urodynamics of mouse major pelvic ganglion with a micro-endoscopic approach Journal Article

B. R. Berigan,J. Wang,D. J. Schulz,I. Ozden

Journal of Neurophysiology 129(2):479–493 (2023).

DOI: 10.1152/jn.00450.2022Science

Implementation of miniaturized modular-array fluorescence microscopy for long-term live-cell imaging Journal Article

Q. Chen,J. Son,S. Jia

Applied Optics 62(10):2456 (2023).

DOI: 10.1364/ao.483279

Learning-prolonged maintenance of stimulus information in CA1 and subiculum during trace fear conditioning Journal Article

T. Bai,L. Zhan,N. Zhang,F. Lin,D. Saur,C. Xu

Cell Reports 42(8):112853 (2023).

DOI: 10.1016/j.celrep.2023.112853Science

Mechanism of kisspeptin neuron synchronization for pulsatile hormone secretion in male mice Journal Article

S. Y. Han,P. G. Morris,J. Kim,S. Guru,M. Pardo-Navarro,S. Yeo,H. J. McQuillan,A. E. Herbison

Cell Reports 42(1):111914 (2023).

DOI: 10.1016/j.celrep.2022.111914Science

Miniscope-LFOV: A large-field-of-view, single-cell-resolution, miniature microscope for wired and wire-free imaging of neural dynamics in freely behaving animals Journal Article

C. Guo,G. J. Blair,M. Sehgal,F. N. Jimka,A. Bellafard,A. J. Silva,P. Golshani,M. A. Basso,H. T. Blair,D. Aharoni

Science Advances 9(16):eadg3918 (2023).

DOI: 10.1126/sciadv.adg3918Tool Paper

Multi-functional accessory toolkit for Miniscope prototyping and image enhancement Conference Paper

X. Zhu,L. Gu,R. Li,L. Chen,J. Chen,N. Zhou,W. Ren

Second Conference on Biomedical Photonics and Cross-Fusion (BPC 2023):24 (2023).

DOI: 10.1117/12.2691914

Neural Networks Are Tuned Near Criticality During a Cognitive Task and Distanced from Criticality In a Psychopharmacological Model of Alzheimer’s Disease Journal Article

F. Habibollahi,D. Sun,A. N. Burkitt,C. French

DOI: 10.1101/2023.08.16.553626Science

Open-MAC: A low-cost open-source motorized commutator for electro- and opto-physiological recordings in freely moving rodents Journal Article

S. K. Kapanaiah,D. Kätzel

HardwareX 14:e00429 (2023).

DOI: 10.1016/j.ohx.2023.e00429Tool Paper

Optogenetic frequency scrambling of hippocampal theta oscillations dissociates working memory retrieval from hippocampal spatiotemporal codes Journal Article

G. Etter,S. van der Veldt,J. Choi,S. Williams

Nature Communications 14(1) (2023).

DOI: 10.1038/s41467-023-35825-5Science

Population dynamics of head-direction neurons during drift and reorientation Journal Article

Z. Ajabi,A. T. Keinath,X. Wei,M. P. Brandon

Nature 615(7954):892–899 (2023).

DOI: 10.1038/s41586-023-05813-2Science

Representational similarity supports rapid context retrieval during fear discrimination in ventral hippocampus Journal Article

R. R. Rozeske,L. Runtz,A. T. Keinath,A. Sossin,M. P. Brandon

DOI: 10.1101/2023.09.08.556889Science

Somatic Calcium Signals from Layer II/III Motor Cortex for Continuous Neural Decoding Journal Article

R. Wang,J. Han,X. Hu,H. You,S. Zhang

DOI: 10.1101/2023.04.11.536319Science

The subiculum encodes environmental geometry Journal Article

Y. Sun,D. A. Nitz,X. Xu,L. M. Giocomo

DOI: 10.1101/2023.05.07.539721Science

The temporal and contextual stability of activity levels in hippocampal CA1 cells Journal Article

Y. Hayashi,K. Kobayakawa,R. Kobayakawa

Proceedings of the National Academy of Sciences 120(17) (2023).

DOI: 10.1073/pnas.2221141120Science

Unraveling the mechanisms of deep-brain stimulation of the internal capsule in a mouse model Journal Article

B. J. van den Boom,A. Elhazaz-Fernandez,P. A. Rasmussen,E. H. van Beest,A. Parthasarathy,D. Denys,I. Willuhn

Nature Communications 14(1) (2023).

DOI: 10.1038/s41467-023-41026-xScience

Vagal interoception of microbial metabolites from the small intestinal lumen Journal Article

K. G. Jameson,S. A. Kazmi,C. Son,D. Mazdeyasnan,E. Leshan,H. E. Vuong,J. Paramo,A. Lopez-Romero,L. Yang,F. E. Schweizer,E. Y. Hsiao

DOI: 10.1101/2023.12.18.572257Science

A circuit from lateral septum neurotensin neurons to tuberal nucleus controls hedonic feeding Journal Article

Z. Chen,G. Chen,J. Zhong,S. Jiang,S. Lai,H. Xu,X. Deng,F. Li,S. Lu,K. Zhou,C. Li,Z. Liu,X. Zhang,Y. Zhu

Molecular Psychiatry 27(12):4843–4860 (2022).

DOI: 10.1038/s41380-022-01742-0Science

A locus coeruleus-dorsal CA1 dopaminergic circuit modulates memory linking Journal Article

A. Chowdhury,A. Luchetti,G. Fernandes,D. A. Filho,G. Kastellakis,A. Tzilivaki,E. M. Ramirez,M. Y. Tran,P. Poirazi,A. J. Silva

Neuron 110(20):3374-3388.e8 (2022).

DOI: 10.1016/j.neuron.2022.08.001Science

A longitudinal CA2/3 to CA1 circuit for initiating context-dependent associative learning Journal Article

H. Chen,S. Qiu,G. Wang,R. Yang,N. Zhang,J. Wu,Q. Yang,C. Xu

DOI: 10.1101/2022.02.05.479215Science

A one-photon endoscope for simultaneous patterned optogenetic stimulation and calcium imaging in freely behaving mice Journal Article

J. Zhang,R. N. Hughes,N. Kim,I. P. Fallon,K. Bakhurin,J. Kim,F. P. Severino,H. H. Yin

Nature Biomedical Engineering 7(4):499–510 (2022).

DOI: 10.1038/s41551-022-00920-3

Advances of optical miniscopes for in vivo imaging of neural activity in freely moving animals Journal Article

K. Chen,Z. Tian,L. Kong

Frontiers in Neuroscience 16 (2022).

DOI: 10.3389/fnins.2022.994079Review

Amygdalostriatal transition zone neurons encode sustained valence to direct conditioned behaviors Journal Article

F. Mills,C. R. Lee,J. R. Howe,H. Li,S. Shao,M. N. Keisler,M. E. Lemieux,F. H. Taschbach,L. R. Keyes,M. Borio,H. S. Chen,R. R. Patel,A. L. Gross,J. Delahanty,C. Cazares,L. Maree,R. Wichmann,T. D. Pereira,M. K. Benna,C. M. Root,K. M. Tye

DOI: 10.1101/2022.10.28.514263Science

An Open-Source Real-Time Motion Correction Plug-In for Single-Photon Calcium Imaging of Head-Mounted Microscopy Journal Article

M. Li,C. Liu,X. Cui,H. Jung,H. You,L. Feng,S. Zhang

Frontiers in Neural Circuits 16 (2022).

DOI: 10.3389/fncir.2022.891825

BehaviorDEPOT is a simple, flexible tool for automated behavioral detection based on markerless pose tracking Journal Article

C. J. Gabriel,Z. Zeidler,B. Jin,C. Guo,C. M. Goodpaster,A. Q. Kashay,A. Wu,M. Delaney,J. Cheung,L. E. DiFazio,M. J. Sharpe,D. Aharoni,S. A. Wilke,L. A. DeNardo

eLife 11 (2022).

DOI: 10.7554/elife.74314

Cable-free brain imaging with miniature wireless microscopes Journal Article

Y. Wang,Z. Ma,W. Li,F. Su,C. Wang,W. Xiong,C. Li,C. Zhang

DOI: 10.1101/2022.06.20.496795

Calcium activity is a degraded estimate of spikes Journal Article

E. E. Hart,M. P. Gardner,M. C. Panayi,T. Kahnt,G. Schoenbaum

Current Biology 32(24):5364-5373.e4 (2022).

DOI: 10.1016/j.cub.2022.10.037Science

Custom-Built Operant Conditioning Setup for Calcium Imaging and Cognitive Testing in Freely Moving Mice Journal Article

P. Vassilev,E. Fonseca,G. Hernandez,A. H. Pantoja-Urban,M. Giroux,D. Nouel,E. Van Leer,C. Flores

eneuro 9(1):ENEURO.0430-21.2022 (2022).

DOI: 10.1523/eneuro.0430-21.2022

Dissociable effects of oxycodone on behavior, calcium transient activity, and excitability of dorsolateral striatal neurons Journal Article

J. Barry,K. D. Oikonomou,A. Peng,D. Yu,C. Yang,P. Golshani,C. J. Evans,M. S. Levine,C. Cepeda

Frontiers in Neural Circuits 16 (2022).

DOI: 10.3389/fncir.2022.983323Science

Ensemble remodeling supports memory-updating Journal Article

W. Mau,A. M. Baggetta,Z. Dong,B. M. Sweis,D. Morales-Rodriguez,Z. T. Pennington,T. Francisco,D. J. Freedman,M. G. Baxter,T. Shuman,D. J. Cai

DOI: 10.1101/2022.06.02.494530Science

Environmental enrichment leads to behavioral circadian shifts enhancing brain-wide functional connectivity between sensory cortices and eliciting increased hippocampal spiking Journal Article

F. A. Manno,Z. An,R. Kumar,J. Su,J. Liu,E. X. Wu,J. He,Y. Feng,C. Lau

NeuroImage 252:119016 (2022).

DOI: 10.1016/j.neuroimage.2022.119016Science

GABAergic CA1 neurons are more stable following context changes than glutamatergic cells Journal Article

P. J. Schuette,J. M. Ikebara,S. Maesta-Pereira,A. Torossian,E. Sethi,A. H. Kihara,J. C. Kao,F. M. Reis,A. Adhikari

Scientific Reports 12(1) (2022).

DOI: 10.1038/s41598-022-13799-6Science

Highly unstable heterogeneous representations in VIP interneurons of the anterior cingulate cortex Journal Article

C. Johnson,L. N. Kretsge,W. W. Yen,B. Sriram,A. O’Connor,R. S. Liu,J. C. Jimenez,R. A. Phadke,K. K. Wingfield,C. Yeung,T. J. Jinadasa,T. P. Nguyen,E. S. Cho,E. Fuchs,E. D. Spevack,B. E. Velasco,F. S. Hausmann,L. A. Fournier,A. Brack,S. Melzer,A. Cruz-Martín

Molecular Psychiatry 27(5):2602–2618 (2022).

DOI: 10.1038/s41380-022-01485-yScience

In Vivo Multi-Day Calcium Imaging of CA1 Hippocampus in Freely Moving Rats Reveals a High Preponderance of Place Cells with Consistent Place Fields Journal Article

H. S. Wirtshafter,J. F. Disterhoft

The Journal of Neuroscience 42(22):4538–4554 (2022).

DOI: 10.1523/jneurosci.1750-21.2022Science

Longitudinal dynamics of microvascular recovery after acquired cortical injury Journal Article

X. Lin,L. Chen,A. Jullienne,H. Zhang,A. Salehi,M. Hamer,T. C. Holmes,A. Obenaus,X. Xu

Acta Neuropathologica Communications 10(1) (2022).

DOI: 10.1186/s40478-022-01361-4Science

Minian, an open-source miniscope analysis pipeline Journal Article

Z. Dong,W. Mau,Y. Feng,Z. T. Pennington,L. Chen,Y. Zaki,K. Rajan,T. Shuman,D. Aharoni,D. J. Cai

eLife 11 (2022).

DOI: 10.7554/elife.70661Analysis Pipeline

Miniature Microscopy of Hippocampal CA1 to Identify Engram Cells and Record Calcium Transients for Analyses of Ensemble Activities

N. Ohkawa,K. Ghandour

Behavioral Neurogenetics:157–174 (2022).

DOI: 10.1007/978-1-0716-2321-3_10Protocol

Neural circuit dynamics of drug-context associative learning in the mouse hippocampus Journal Article

Y. Sun,L. M. Giocomo

Nature Communications 13(1) (2022).

DOI: 10.1038/s41467-022-34114-xScience

Neuronal activity under transcranial radio-frequency stimulation in metal-free rodent brains in-vivo Journal Article

O. Yaghmazadeh,M. Vöröslakos,L. Alon,G. Carluccio,C. Collins,D. K. Sodickson,G. Buzsáki

Communications Engineering 1(1) (2022).

DOI: 10.1038/s44172-022-00014-7Science

Neurophotonic Tools for Microscopic Measurements and Manipulation: Status Report Journal Article

A. Abdelfattah,S. R. Allu,R. E. Campbell,X. Cheng,T. Cižmár,I. Costantini,V. Emiliani,N. Fomin-Thunemann,A. Gilad,T. Fernández Alfonso,C. G. Ferri,A. Harris,E. M. Hillman,M. G. Holt,K. Kiliç,E. W. Miller,R. C. Mesquita,K. N. Nadella,U. V. Nägerl,C. Perez Campos,F. Puppo,S. Shoham,R. A. Silver,V. J. Srinivasan,M. Thunemann,L. Tian,S. A. Vinogradov,F. Vitale,H. Uhlirova,C. Xu,M. Yang,Y. Zhao,S. Ahuja,T. Akkin,J. Brake,D. A. Boas,E. M. Buckley,A. I. Chen,M. De Vittorio,A. Devor,P. Doran,M. El Khatib,Y. Fainman,X. Han,U. Hochgeschwender,N. Ji,E. Lake,L. Li,T. Li,P. Machler,Y. Nasu,A. Nimmerjahn,P. Ondrácková,F. S. Pavone,D. Peterka,F. Pisano,F. Pisanello,B. L. Sabatini,S. Sadegh,S. Sakadžic,S. N. Shroff,R. R. Sims,S. L. Smith,L. Tian,T. Troxler,A. Valera,A. Vaziri,L. V. Wang,C. Yang,G. Yellen,O. Yizhar

Neurophotonics 9(S1) (2022).

DOI: 10.1117/1.nph.9.s1.013001Review

New imaging instrument in animal models: Two‐photon miniature microscope and large field of view miniature microscope for freely behaving animals Journal Article

C. Guo,A. Wang,H. Cheng,L. Chen

Journal of Neurochemistry 164(3):270–283 (2022).

DOI: 10.1111/jnc.15711Review

Place cells are nonrandomly clustered by field location in <scp>CA1</scp> hippocampus Journal Article

H. S. Wirtshafter,J. F. Disterhoft

Hippocampus 33(2):65–84 (2022).

DOI: 10.1002/hipo.23489Science

Prefrontal pyramidal neurons are critical for all phases of working memory Journal Article

P. Vogel,J. Hahn,S. Duvarci,T. Sigurdsson

Cell Reports 39(2):110659 (2022).

DOI: 10.1016/j.celrep.2022.110659Science

Rapid deep widefield neuron finder driven by virtual calcium imaging data Journal Article

Y. Zhang,G. Zhang,X. Han,J. Wu,Z. Li,X. Li,G. Xiao,H. Xie,L. Fang,Q. Dai

DOI: 10.1101/2022.01.25.474600

Simultaneous Cellular Imaging, Electrical Recording and Stimulation of Hippocampal Activity in Freely Behaving Mice Journal Article

C. Y. Kim,S. J. Kim,F. Kloosterman

Experimental Neurobiology 31(3):208–220 (2022).

DOI: 10.5607/en22011Science

Spatial coding defects of hippocampal neural ensemble calcium activities in the triple-transgenic Alzheimer’s disease mouse model Journal Article

X. Lin,L. Chen,D. Baglietto-Vargas,P. Kamalipour,Q. Ye,F. M. LaFerla,D. A. Nitz,T. C. Holmes,X. Xu

Neurobiology of Disease 162:105562 (2022).

DOI: 10.1016/j.nbd.2021.105562Science

SpecSeg is a versatile toolbox that segments neurons and neurites in chronic calcium imaging datasets based on low-frequency cross-spectral power Journal Article

L. de Kraker,K. Seignette,P. Thamizharasu,B. J. van den Boom,I. Ferreira Pica,I. Willuhn,C. N. Levelt,C. V. Togt

Cell Reports Methods 2(10):100299 (2022).

DOI: 10.1016/j.crmeth.2022.100299

The impact of familiarity on cortical taste coding Journal Article

S. M. Staszko,J. D. Boughter,M. L. Fletcher

Current Biology 32(22):4914-4924.e4 (2022).

DOI: 10.1016/j.cub.2022.09.053Science

The impact of pitolisant, an H3 receptor antagonist/inverse agonist, on perirhinal cortex activity in individual neuron and neuronal population levels Journal Article

K. Hirano,Y. Morishita,M. Minami,H. Nomura

Scientific Reports 12(1) (2022).

DOI: 10.1038/s41598-022-11032-yScience

The representation of context in mouse hippocampus is preserved despite neural drift Journal Article

A. T. Keinath,C. Mosser,M. P. Brandon

Nature Communications 13(1) (2022).

DOI: 10.1038/s41467-022-30198-7Science

Tracking longitudinal population dynamics of single neuronal calcium signal using SCOUT Journal Article

K. G. Johnston,S. F. Grieco,H. Zhang,S. Jin,X. Xu,Q. Nie

Cell Reports Methods 2(5):100207 (2022).

DOI: 10.1016/j.crmeth.2022.100207

Ubiquitous proximity to a critical state for collective neural activity in the CA1 region of freely moving mice Journal Article

Y. Chen,C. Chen,Y. Mei,N. Zhou,D. Wu,T. Lee

Chinese Journal of Physics 77:497–510 (2022).

DOI: 10.1016/j.cjph.2021.12.010Science

Vagus nerve stimulation drives selective circuit modulation through cholinergic reinforcement Journal Article

S. Bowles,J. Hickman,X. Peng,W. R. Williamson,R. Huang,K. Washington,D. Donegan,C. G. Welle

Neuron 110(17):2867–2885.e7 (2022).

DOI: 10.1016/j.neuron.2022.06.017Science

A Modified Miniscope System for Simultaneous Electrophysiology and Calcium Imaging in vivo Journal Article

X. Wu,X. Yang,L. Song,Y. Wang,Y. Li,Y. Liu,X. Yang,Y. Wang,W. Pei,W. Li

Frontiers in Integrative Neuroscience 15 (2021).

DOI: 10.3389/fnint.2021.682019

A synaptic temperature sensor for body cooling Journal Article

G. B. Kamm,J. C. Boffi,K. Zuza,S. Nencini,J. Campos,K. Schrenk-Siemens,I. Sonntag,B. Kabaoğlu,M. Y. El Hay,Y. Schwarz,A. Tappe-Theodor,D. Bruns,C. Acuna,T. Kuner,J. Siemens

Neuron 109(20):3283-3297.e11 (2021).

DOI: 10.1016/j.neuron.2021.10.001Science

Behavioral clusters revealed by end-to-end decoding from microendoscopic imaging Journal Article

C. Chang,W. Guo,J. Zhang,J. Newman,S. Sun,M. Wilson

DOI: 10.1101/2021.04.15.440055Science

Calcium imaging and analysis of the mouse hippocampus or neocortex using miniature microendoscopes

J. Winne,G. Nascimento,I. Nogueira,R. N. Leao,K. E. Leao

DOI: 10.48550/ARXIV.2110.00609Protocol

Circuit Investigation of Social Interaction and Substance Use Disorder Using Miniscopes Journal Article

N. J. Beacher,K. A. Washington,C. T. Werner,Y. Zhang,G. Barbera,Y. Li,D. Lin

Frontiers in Neural Circuits 15 (2021).

DOI: 10.3389/fncir.2021.762441Review

Cognitive control persistently enhances hippocampal information processing Journal Article

A. Chung,C. Jou,A. Grau-Perales,E. R. Levy,D. Dvorak,N. Hussain,A. A. Fenton

Nature 600(7889):484–488 (2021).

DOI: 10.1038/s41586-021-04070-5Science

Conjunctive spatial and self-motion codes are topographically organized in the GABAergic cells of the lateral septum Journal Article

S. van der Veldt,G. Etter,C. Mosser,F. Manseau,S. Williams

PLOS Biology 19(8):e3001383 (2021).

DOI: 10.1371/journal.pbio.3001383Science

Coordination of escape and spatial navigation circuits orchestrates versatile flight from threats Journal Article

W. Wang,P. J. Schuette,J. Nagai,B. C. Tobias,F. M. Cuccovia V. Reis,S. Ji,M. A. de Lima,M. Q. La-Vu,S. Maesta-Pereira,M. Chakerian,S. J. Leonard,L. Lin,A. L. Severino,C. M. Cahill,N. S. Canteras,B. S. Khakh,J. C. Kao,A. Adhikari

Neuron 109(11):1848-1860.e8 (2021).

DOI: 10.1016/j.neuron.2021.03.033Science

Distributed processing for action control by prelimbic circuits targeting anterior-posterior dorsal striatal subregions Journal Article

K. Choi,E. Piasini,L. Cifuentes-Vargas,E. Díaz-Hernández,N. T. Henderson,M. Subramaniyan,C. R. Gerfen,M. V. Fuccillo

DOI: 10.1101/2021.12.01.469698Science

Dorsal periaqueductal gray ensembles represent approach and avoidance states Journal Article

F. M. Reis,J. Y. Lee,S. Maesta-Pereira,P. J. Schuette,M. Chakerian,J. Liu,M. Q. La-Vu,B. C. Tobias,J. M. Ikebara,A. H. Kihara,N. S. Canteras,J. C. Kao,A. Adhikari

eLife 10 (2021).

DOI: 10.7554/elife.64934Science

Dorsal premammillary projection to periaqueductal gray controls escape vigor from innate and conditioned threats Journal Article

W. Wang,P. J. Schuette,M. Q. La-Vu,A. Torossian,B. C. Tobias,M. Ceko,P. A. Kragel,F. M. Reis,S. Ji,M. Sehgal,S. Maesta-Pereira,M. Chakerian,A. J. Silva,N. S. Canteras,T. Wager,J. C. Kao,A. Adhikari

eLife 10 (2021).

DOI: 10.7554/elife.69178Science

Fast Calcium Trace Extraction for Large-Field-of-View Miniscope Conference Paper

Z. Chen,G. J. Blair,H. T. Blair,J. Cong

2021 IEEE Biomedical Circuits and Systems Conference (BioCAS):1–5 (2021).

DOI: 10.1109/biocas49922.2021.9644936

Large-scale calcium imaging with a head-mounted axial scanning 3D fluorescence microscope Journal Article

Y. Hayashi,K. Kobayakawa,R. Kobayakawa

DOI: 10.1101/2021.01.20.427512

Large-scale cellular-resolution imaging of neural activity in freely behaving mice Journal Article

D. Leman,I. Chen,K. Bolding,J. Tai,L. Wilmerding,H. Gritton,Y. Cohen,W. Yen,L. Perkins,W. Liberti,K. Kilic,X. Han,A. Cruz-Martín,T. Gardner,T. Otchy,I. Davison

DOI: 10.1101/2021.01.15.426462

Midbrain dopamine neurons provide teaching signals for goal-directed navigation Journal Article

K. Farrell,A. Lak,A. B. Saleem

DOI: 10.1101/2021.02.17.431585

Miniaturized head-mounted microscope for whole-cortex mesoscale imaging in freely behaving mice Journal Article

M. L. Rynes,D. A. Surinach,S. Linn,M. Laroque,V. Rajendran,J. Dominguez,O. Hadjistamoulou,Z. S. Navabi,L. Ghanbari,G. W. Johnson,M. Nazari,M. H. Mohajerani,S. B. Kodandaramaiah

Nature Methods 18(4):417–425 (2021).

DOI: 10.1038/s41592-021-01104-8

Neural circuit dynamics of drug-context associative learning in the hippocampus Journal Article

Y. Sun,L. M. Giocomo

DOI: 10.1101/2021.09.02.458796Science

Neural control of affiliative touch in prosocial interaction Journal Article

Y. E. Wu,J. Dang,L. Kingsbury,M. Zhang,F. Sun,R. K. Hu,W. Hong

Nature 599(7884):262–267 (2021).

DOI: 10.1038/s41586-021-03962-wScience

Neuregulin signaling mediates the acute and sustained antidepressant effects of subanesthetic ketamine Journal Article

S. F. Grieco,X. Qiao,K. G. Johnston,L. Chen,R. R. Nelson,C. Lai,T. C. Holmes,X. Xu

Translational Psychiatry 11(1) (2021).

DOI: 10.1038/s41398-021-01255-4Science

Opposing roles for striatonigral and striatopallidal neurons in dorsolateral striatum in consolidating new instrumental actions Journal Article

A. C. Smith,S. Jonkman,A. G. Difeliceantonio,R. M. O’Connor,S. Ghoshal,M. F. Romano,B. J. Everitt,P. J. Kenny

Nature Communications 12(1) (2021).

DOI: 10.1038/s41467-021-25460-3Science

Optogenetic inhibition of indirect pathway neurons in the dorsomedial striatum reduces excessive grooming in Sapap3-knockout mice Journal Article

K. I. Ramírez-Armenta,H. Alatriste-León,A. K. Verma-Rodríguez,A. Llanos-Moreno,J. O. Ramírez-Jarquín,F. Tecuapetla

Neuropsychopharmacology 47(2):477–487 (2021).

DOI: 10.1038/s41386-021-01161-9Science

Scopolamine Impairs Spatial Information Recorded With “Miniscope” Calcium Imaging in Hippocampal Place Cells Journal Article

D. Sun,R. R. Unnithan,C. French

Frontiers in Neuroscience 15 (2021).

DOI: 10.3389/fnins.2021.640350Science

Shared Dorsal Periaqueductal Gray Activation Patterns during Exposure to Innate and Conditioned Threats Journal Article

F. M. Reis,J. Liu,P. J. Schuette,J. Y. Lee,S. Maesta-Pereira,M. Chakerian,W. Wang,N. S. Canteras,J. C. Kao,A. Adhikari

The Journal of Neuroscience 41(25):5399–5420 (2021).

DOI: 10.1523/jneurosci.2450-20.2021Science

Using Baseplating and a Miniscope Preanchored with an Objective Lens for Calcium Transient Research in Mice Journal Article

Y. Hsiao,A. Y. Wang,T. Lee,C. Chang

Journal of Visualized Experiments (2021).

DOI: 10.3791/62611Protocol

Vagus nerve stimulation accelerates motor learning through cholinergic modulation Journal Article

S. Bowles,J. Hickman,X. Peng,W. R. Williamson,R. Huang,K. Washington,D. Donegan,C. G. Welle

DOI: 10.1101/2021.10.28.466306Science

A Probabilistic Framework for Decoding Behavior From in vivo Calcium Imaging Data Journal Article

G. Etter,F. Manseau,S. Williams

Frontiers in Neural Circuits 14 (2020).

DOI: 10.3389/fncir.2020.00019

Breakdown of spatial coding and interneuron synchronization in epileptic mice Journal Article

T. Shuman,D. Aharoni,D. J. Cai,C. R. Lee,S. Chavlis,L. Page-Harley,L. M. Vetere,Y. Feng,C. Y. Yang,I. Mollinedo-Gajate,L. Chen,Z. T. Pennington,J. Taxidis,S. E. Flores,K. Cheng,M. Javaherian,C. C. Kaba,N. Rao,M. La-Vu,I. Pandi,M. Shtrahman,K. I. Bakhurin,S. C. Masmanidis,B. S. Khakh,P. Poirazi,A. J. Silva,P. Golshani

Nature Neuroscience 23(2):229–238 (2020).

DOI: 10.1038/s41593-019-0559-0Science

Chemogenetic Modulation and Single-Photon Calcium Imaging in Anterior Cingulate Cortex Reveal a Mechanism for Effort-Based Decisions Journal Article

E. E. Hart,G. J. Blair,T. J. O’Dell,H. T. Blair,A. Izquierdo

The Journal of Neuroscience 40(29):5628–5643 (2020).

DOI: 10.1523/jneurosci.2548-19.2020Science

Cortical Representations of Conspecific Sex Shape Social Behavior Journal Article

L. Kingsbury,S. Huang,T. Raam,L. S. Ye,D. Wei,R. K. Hu,L. Ye,W. Hong

Neuron 107(5):941–953.e7 (2020).

DOI: 10.1016/j.neuron.2020.06.020Science

DG–CA3 circuitry mediates hippocampal representations of latent information Journal Article

A. T. Keinath,A. Nieto-Posadas,J. C. Robinson,M. P. Brandon

Nature Communications 11(1) (2020).

DOI: 10.1038/s41467-020-16825-1Science

Deciphering Brain Function by Miniaturized Fluorescence Microscopy in Freely Behaving Animals Journal Article

S. Malvaut,V. Constantinescu,H. Dehez,S. Doric,A. Saghatelyan

Frontiers in Neuroscience 14 (2020).

DOI: 10.3389/fnins.2020.00819Review

HippoBellum: Acute Cerebellar Modulation Alters Hippocampal Dynamics and Function Journal Article

Z. Zeidler,K. Hoffmann,E. Krook-Magnuson

The Journal of Neuroscience 40(36):6910–6926 (2020).

DOI: 10.1523/jneurosci.0763-20.2020Science

Latent learning drives sleep-dependent plasticity in distinct CA1 subpopulations Journal Article

W. Guo,J. J. Zhang,J. P. Newman,M. A. Wilson

DOI: 10.1101/2020.02.27.967794Science

Long-Term Characterization of Hippocampal Remapping during Contextual Fear Acquisition and Extinction Journal Article

P. J. Schuette,F. M. Reis,S. Maesta-Pereira,M. Chakerian,A. Torossian,G. J. Blair,W. Wang,H. T. Blair,M. S. Fanselow,J. C. Kao,A. Adhikari

The Journal of Neuroscience 40(43):8329–8342 (2020).

DOI: 10.1523/jneurosci.1022-20.2020Science

Loud noise exposure differentially affects subpopulations of auditory cortex pyramidal cells Journal Article

I. Nogueira,J. Winne,T. Z. Lima,T. Malfatti,R. N. Leao,K. E. Leao

DOI: 10.1101/2020.08.25.264200Science

MiniFAST: A sensitive and fast miniaturized microscope for in vivo neural recording Journal Article

J. Juneau,G. Duret,J. Chu,A. Rodriguez,S. Morozov,D. Aharoni,J. Robinson,F. St-Pierre,C. Kemere,P. Golshani,C. C. Dorian,B. Madruga

DOI: 10.1101/2020.11.03.367466

Miniaturized Devices for Bioluminescence Imaging in Freely Behaving Animals Conference Paper

D. Celinskis,N. Friedman,M. Koksharov,J. Murphy,M. Gomez-Ramirez,D. Borton,N. Shaner,U. Hochgeschwender,D. Lipscombe,C. Moore

2020 42nd Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine & Biology Society (EMBC):4385–4389 (2020).

DOI: 10.1109/embc44109.2020.9175375

Miniscope3D: optimized single-shot miniature 3D fluorescence microscopy Journal Article

K. Yanny,N. Antipa,W. Liberti,S. Dehaeck,K. Monakhova,F. L. Liu,K. Shen,R. Ng,L. Waller

Light: Science & Applications 9(1) (2020).

DOI: 10.1038/s41377-020-00403-7

NINscope, a versatile miniscope for multi-region circuit investigations Journal Article

A. de Groot,B. J. van den Boom,R. M. van Genderen,J. Coppens,J. van Veldhuijzen,J. Bos,H. Hoedemaker,M. Negrello,I. Willuhn,C. I. De Zeeuw,T. M. Hoogland

eLife 9 (2020).

DOI: 10.7554/elife.49987

Novel Virtual Reality System for Auditory Tasks in Head-fixed Mice Conference Paper

S. Gao,J. Webb,Z. Mridha,A. Banta,C. Kemere,M. McGinley

2020 42nd Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine & Biology Society (EMBC):2925–2928 (2020).

DOI: 10.1109/embc44109.2020.9176536Science

Robust Population Single Neuronal Calcium Signal Extraction Using SCOUT Allows for Longitudinal Analysis of Behavior-associated Neural Ensemble Dynamics Journal Article

K. G. Johnston,S. F. Grieco,Z. Yu,S. Jin,T. Shen,R. Crary,J. F. Guzowski,T. C. Holmes,Q. Nie,X. Xu

DOI: 10.1101/2020.08.26.268151

Subanesthetic Ketamine Reactivates Adult Cortical Plasticity to Restore Vision from Amblyopia Journal Article

S. F. Grieco,X. Qiao,X. Zheng,Y. Liu,L. Chen,H. Zhang,Z. Yu,J. P. Gavornik,C. Lai,S. P. Gandhi,T. C. Holmes,X. Xu

Current Biology 30(18):3591-3603.e8 (2020).

DOI: 10.1016/j.cub.2020.07.008Science

The <scp>McGill‐Mouse‐Miniscope</scp> platform: A standardized approach for high‐throughput imaging of neuronal dynamics during behavior Journal Article

C. Mosser,Z. Haqqee,A. Nieto‐Posadas,K. K. Murai,S. Stifani,S. Williams,M. P. Brandon

Genes, Brain and Behavior 20(1) (2020).

DOI: 10.1111/gbb.12686

A Two-Step GRIN Lens Coating for In Vivo Brain Imaging Journal Article

Y. Yang,L. Zhang,Z. Wang,B. Liang,G. Barbera,C. Moffitt,Y. Li,D. Lin

Neuroscience Bulletin 35(3):419–424 (2019).

DOI: 10.1007/s12264-019-00356-x

A striatal interneuron circuit for continuous target pursuit Journal Article

N. Kim,H. E. Li,R. N. Hughes,G. D. Watson,D. Gallegos,A. E. West,I. H. Kim,H. H. Yin

Nature Communications 10(1) (2019).

DOI: 10.1038/s41467-019-10716-wScience

CA1-projecting subiculum neurons facilitate object–place learning Journal Article

Y. Sun,S. Jin,X. Lin,L. Chen,X. Qiao,L. Jiang,P. Zhou,K. G. Johnston,P. Golshani,Q. Nie,T. C. Holmes,D. A. Nitz,X. Xu

Nature Neuroscience 22(11):1857–1870 (2019).

DOI: 10.1038/s41593-019-0496-yScience

Circuit Investigations With Open-Source Miniaturized Microscopes: Past, Present and Future Journal Article

D. Aharoni,T. M. Hoogland

Frontiers in Cellular Neuroscience 13 (2019).

DOI: 10.3389/fncel.2019.00141Review

Correlated Neural Activity and Encoding of Behavior across Brains of Socially Interacting Animals Journal Article

L. Kingsbury,S. Huang,J. Wang,K. Gu,P. Golshani,Y. E. Wu,W. Hong

Cell 178(2):429–446.e16 (2019).

DOI: 10.1016/j.cell.2019.05.022Science

DeepBehavior: A Deep Learning Toolbox for Automated Analysis of Animal and Human Behavior Imaging Data Journal Article

A. Arac,P. Zhao,B. H. Dobkin,S. T. Carmichael,P. Golshani

Frontiers in Systems Neuroscience 13 (2019).

DOI: 10.3389/fnsys.2019.00020Software

Imaging and analysis of genetically encoded calcium indicators linking neural circuits and behaviors Journal Article

J. Oh,C. Lee,B. Kaang

The Korean Journal of Physiology & Pharmacology 23(4):237 (2019).

DOI: 10.4196/kjpp.2019.23.4.237Science

Miniaturized microscope with flexible light source input for neuronal imaging and manipulation in freely behaving animals Journal Article

S. Srinivasan,T. Hosokawa,P. Vergara,Y. Chérasse,T. Naoi,T. Sakurai,M. Sakaguchi

Biochemical and Biophysical Research Communications 517(3):520–524 (2019).

DOI: 10.1016/j.bbrc.2019.07.082

Precise Coordination of Three-Dimensional Rotational Kinematics by Ventral Tegmental Area GABAergic Neurons Journal Article

R. N. Hughes,G. D. Watson,E. A. Petter,N. Kim,K. I. Bakhurin,H. H. Yin

Current Biology 29(19):3244-3255.e4 (2019).

DOI: 10.1016/j.cub.2019.08.022Science

All the light that we can see: a new era in miniaturized microscopy Journal Article

D. Aharoni,B. S. Khakh,A. J. Silva,P. Golshani

Nature Methods 16(1):11–13 (2018).

DOI: 10.1038/s41592-018-0266-xReview

Enhanced Image Sensor Module for Head-Mounted Microscopes Conference Paper

J. Juneau,G. Duret,J. Robinson,C. Kemere

2018 40th Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society (EMBC):826–829 (2018).

DOI: 10.1109/embc.2018.8512387

High-speed volumetric imaging of neuronal activity in freely moving rodents Journal Article

O. Skocek,T. Nöbauer,L. Weilguny,F. Martínez Traub,C. N. Xia,M. I. Molodtsov,A. Grama,M. Yamagata,D. Aharoni,D. D. Cox,P. Golshani,A. Vaziri

Nature Methods 15(6):429–432 (2018).

DOI: 10.1038/s41592-018-0008-0

Imaging Cortical Dynamics in GCaMP Transgenic Rats with a Head-Mounted Widefield Macroscope Journal Article

B. B. Scott,S. Y. Thiberge,C. Guo,D. G. Tervo,C. D. Brody,A. Y. Karpova,D. W. Tank

Neuron 100(5):1045-1058.e5 (2018).

DOI: 10.1016/j.neuron.2018.09.050

Implementing simultaneous calcium imaging and optogenetics in freely moving rodents to investigate the role of local inhibition in place field stability Thesis

H. Z. Yan

Methods

Reducing Astrocyte Calcium Signaling In Vivo Alters Striatal Microcircuits and Causes Repetitive Behavior Journal Article

X. Yu,A. M. Taylor,J. Nagai,P. Golshani,C. J. Evans,G. Coppola,B. S. Khakh

Neuron 99(6):1170-1187.e9 (2018).

DOI: 10.1016/j.neuron.2018.08.015Science

The Role of the Medial Prefrontal Cortex in Reward Seeking: Functional Evidence on Cellular and Molecular Mechanisms underlying Drug and Natural Reward Seeking Journal Article

S. Pfarr

DOI: 10.11588/HEIDOK.00025508

Miniaturized two-photon microscope: seeing clearer and deeper into the brain Journal Article

A. J. Silva

Light: Science & Applications 6(8):e17104–e17104 (2017).

DOI: 10.1038/lsa.2017.104Review

A shared neural ensemble links distinct contextual memories encoded close in time Journal Article

D. J. Cai,D. Aharoni,T. Shuman,J. Shobe,J. Biane,W. Song,B. Wei,M. Veshkini,M. La-Vu,J. Lou,S. E. Flores,I. Kim,Y. Sano,M. Zhou,K. Baumgaertel,A. Lavi,M. Kamata,M. Tuszynski,M. Mayford,P. Golshani,A. J. Silva

Nature 534(7605):115–118 (2016).

DOI: 10.1038/nature17955Tool Paper